Metsäsertifiointi tarkoittaa menettelyä, jossa riippumaton osapuoli myöntää todistuksen eli sertifikaatin siitä, että metsiä hoidetaan ja käytetään ennalta sovittujen vaatimusten eli kriteereiden mukaisesti. Sertifikaatilla osoitetaan puutuotteiden ostajille, että puuraaka-aine on tuotettu puuntuotannollisesti, sosiaalisesti ja ekologisesti kestävällä tavalla. On olemassa useita erilaisia metsäsertifiointijärjestemiä.
Metsien käytön ohjaamista kestävämpään suuntaan on pidetty erityisen tärkeänä niillä maapallon alueilla, joilla metsien liikakäyttö ja häviäminen ovat ongelmia. Suomessa on jo pitkään harjoitettu kestävää metsätaloutta, mutta ennen 1990 -lukua ei koettu erityistä tarvetta osoittaa metsätalouden ympäristöystävällisyyttä.
Suomeen luotiin laajapohjaisena yhteistyönä metsäsertifiointijärjestelmä, jonka kriteeristö hyväksyttiin 1997. Tämän jälkeen kriteereitä on tarkistettu viiden vuoden välein. Suomen metsäsertifiointijärjestelmän metsäkeskusalueen sertifioinnissa sertifikaatti voidaan myöntää kaikille mukana oleville yksityisten maanomistajien, yritysten, yhteisöjen ja valtion metsille.
Suomen metsäsertifiointijärjestelmässä sertifikaatin saannin edellytyksenä on, että metsätaloutta harjoitetaan ennalta sovittujen kriteerin mukaisesti. Metsäkeskukset keräävät sisäisenä seurantana tiedot kriteereiden toteutumisesta alueillaan . Lopullisen arvion tekee riippumaton ulkoinen auditoija.
Lisää tietoja sertifioinnin vaatimuksista sekä Suomen metsäsertifiointijärjestelmän toteuttamisesta ja kehittämisestä on FFCS:n sivuilla (Finnish Forest Certification System). Suomen metsäsertifiointijärjestelmä on osa kansainvälistä PEFC-järjestelmää.